Khu kinh tế Vân Phong, Khánh Hòa đang đối mặt khó khăn trong giải phóng mặt bằng, làm chậm tiến độ nhiều dự án. Quy hoạch chuyên ngành chưa đồng bộ và chỉ tiêu sử dụng đất hạn chế cũng khiến nhà đầu tư e ngại. Tuy nhiên, khu kinh tế này vẫn có tiềm năng trở thành động lực phát triển của tỉnh và Nam Trung Bộ nhờ vị trí thuận lợi.
Thủ tục pháp lý tại các khu công nghiệp (KCN) và khu kinh tế (KKT) còn nhiều vướng mắc, gây tốn kém chi phí, kéo dài thời gian và ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động. Để môi trường đầu tư tốt hơn, cần hoàn thiện hệ thống pháp luật, cải cách thủ tục hành chính, rà soát chính sách thuế và hải quan; xây dựng cơ chế “một cửa liên thông” tại các KCN, KKT.